我司在上海，投标湖南的一个民政养老服务项目中标了（此项目开票是免税的），中标之后说是要我们在当地落地实体公司，所以我们在当地设立了分支机构，找了个代账公司说是可以独立记账报税开票，分支机构的支出都是总公司以拨付分公司运营资金的形式打款（挂往来账），现要收民政局的拨款，民政局财务说总公司中标的，要总公司开票，打款到总公司（主要都是护理员的工资，剩下的是公司运营费用），护理员和护理员的商业保险都是分公司签订的，那总公司收到的款，以什么形式打到分公司呢，我们一直是挂往来账吗，审计，报税，汇算清缴，做账，这些该咋搞呢

总公司授权给分公司，然后分公司给总公司开发票，总公司给民政局开发票

这是独立核算情况下操作的

代账公司说是给我们弄的是独立核算的 ，他们单独记账报税开票，从电子税务局的哪里可以看到分支机构是否为独立核算呢

注册登记的时候，会让你选择是否独立核算

若为独立核算，总公司给民政局开票35万 开的是免税发票，那分支机构给总公司开票也能开35万的免税发票吗

老师的意见，总分公司要编合并报表，直接挂往来就行，