一、适用范围不同
《小企业会计准则》适用于在中华人民共和国境内设立的不对外筹集资金、经营规模较小的企业（不包括以个人独资及合伙形式设立的小企业）。符合《小企业会计准则》规定的小企业，按照制度规定可以选择执行《企业会计准则》。若选择执行了《企业会计准则》，就不能同时选择执行《小企业会计准则》的有关规定。而《企业会计准则》的适用范围，按照《企业会计准则》的规定，除不对外筹集资金、经营规模较小的企业，以及金融保险企业外，在中华人民共和国境内设立的企业（含公司），执行《企业会计制度》。从《小企业会计准则》的规定看，符合《小企业会计准则》规定的小企业也可执行《企业会计准则》。
二、会计科目设置不同
《小企业会计准则》比《企业会计准则》少设了25个一级科目。原因主要有如下两个方面：第一，小企业经济业务相对简单，因此可将《企业会计准则》中的部分科目进行归并，如应收股利和应收利息合为应收股息科目，原材料和包装物归并为材料科目等。第二，小企业会计核算简化或者没有某科目所要反映的经济业务，从而可少设。如资产科目少设了自制半成品、分期收款发出商品、各项长期资产的减值准备、未确认融资费用和待处理财产损溢；负债科目少设了应付股利、预计负债、应付债券；所有者权益科目少设了已归还投资；损益类科目少设了补贴收入、以前年度损益调整。
三、账务处理不同
1.资产清查的处理不同。《小企业会计准则》中没有设置“待处理财产损溢”科目，小企业在财产清查中发生资产的盘盈或盘亏时直接进行处理。笔者认为这种处理方法简明扼要，与资产负债表中所反映的内容相符。而《企业会计准则》中的资产负债表中已取消了资产待处理项目，企业在编报前必须将待处理的资产进行处理，因此财产清查还要通过“待处理财产损溢”科目核算，笔者认为这是一种多余。
2.不计提长期资产减值准备。长期资产的可收回金额较难确定，计提减值准备时需要进行较多的职业判断，而小企业会计人员少，高素质的会计人员更少，所以《小企业会计准则》仅要求对短期投资、存货和应收款项计提跌价或坏账准备，不要求对固定资产、无形资产等长期资产计提减值准备。
3.简化长期投资的核算。小企业投资的业务比较少，按重要性原则对长期股权投资采用简化了的成本法或简化的权益法核算。
按《小企业会计准则》中成本法的规定，股权持有期间内，企业应于被投资单位宣告发放现金股利或利润时确认投资收益。按被投资单位宣告发放现金股利或利润中属于应由本企业享有的部分，借记“应收股息”科目，贷记“投资收益”科目。制度中不要求严格区分投资前被投资企业实现的利润的分配还是投资后被投资企业实现的利润的分配，但如果在投资当年取得被投资单位分派的属于以前年度实现的利润，则应冲减投资成本。《小企业会计准则》权益法简化核算主要体现在如下两个方面：
第一，取得投资时不单独核算股权投资差额。《小企业会计准则》权益法的规定，以现金取得长期股权投资时，按实际支付的全部价款（扣除已宣告但尚未领取的现金股利）入账，不单独核算股权投资差额，不对该差额进行摊销。
第二，不对被投资单位除净损益外的其他所有者权益变动进行处理。《小企业会计准则》中权益法规定：“采用权益法核算的小企业，长期股权投资的账面余额应根据小企业享有被投资单位所有者权益份额的变动，对长期股权投资的账面余额进行调整。”但在长期股权投资科目的具体解释中只要求在被投资企业实现利润或发生亏损时，小企业按应享有的份额或应分担的份额增加或减少长期股权投资，同时增加或减少投资收益，而没有规定对被投资单位除净损益外的其他所有者权益变动进行处理。由于《小企业会计准则》的长期股权投资科目没有设三级科目，也无法反映是否要对被投资单位除净损益外的其他所有者权益变动进行处理。笔者的理解是为了简化核算，不对其进行处理。
4.简化了专门借款费用的核算。《小企业会计准则》对于借款费用的核算，要求企业在固定资产开始建造至达到预计可使用状态之前发生的专门借款费用，均可资本化计入固定资产成本，而不必与资产支出数挂钩。这简化了借款费用资本化的计算手续，但可能会导致资本化金额夸大，进而多计固定资产价值，少计本期利润，但长远看又会使未来时期的折旧费用予以抵销。
5. 简化了融资租赁固定资产的计量。《小企业会计准则》规定，融资租入固定资产以合同或协议约定应支付的价款和使固定资产达到预定可使用状态前发生的其他有关必要支出，作为其入账价值，这避免了计算最低租赁付款额过程中涉及的职业判断及对未来现金流量折现等较为繁琐的计算。
6. 简化了所得税的账务处理。《小企业会计准则》规定，小企业计算出当期应交的所得税，借记“所得税”科目，贷记“应交税金——应交所得税”科目。可见，所得税的账务处理采用了本期所得税费用按照本期应税所得与适用的所得税税率计算的应付税款法，即本期所得税费用等于本期应交的所得税费用，时间性差异影响所得税的金额均在本期确认所得税费用或在本期抵减所得税费用，而不作为资产负债表中的一项负债或一项资产加以反映。这简化了时间性差异的核算。
7. 其他资产核算方法的简化。《小企业会计准则》还简化了一些资产的转移价值核算方法。如低值易耗品的价值摊销要求采用一次摊销或分次摊销法，没有要求按五五摊销法；短期投资期末按总成本与总市价孰低计量，不需要分项比较计量，在短期投资转让时可不结转其已提的跌价准备。
8. 待转资产价值核算不同。《企业会计准则》中的待转资产价值科目核算内容是外商投资企业待转的接受非现金资产捐赠的价值。外商投资企业接受非现金资产捐赠时，按确定的实际成本，借记非现金资产类科目，贷记“待转资产价值”科目；年终企业按“待转资产价值”科目的账面余额，借记“待转资产价值”科目，贷记 “应交税金——应交所得税”科目和“资本公积——其他资本公积”。财政部在《关于执行〈企业会计准则〉及相关会计准则问题解答（三）》中将“待转资产价值”科目的运用扩展为执行《企业会计准则》的所有企业。
而《小企业会计准则》中的待转资产价值科目核算内容是小企业接受捐赠待转的资产价值，其核算内容不仅包括了小企业接受的非现金资产捐赠，还包括了接受现金资产的捐赠。其账务处理为：小企业接受货币性资产捐赠时，借记“现金”或“银行存款”科目，贷记“待转资产价值”；接受非现金资产捐赠时，按确定的实际成本，借记非现金资产类科目，贷记“待转资产价值”科目；期末如果接受捐赠待转的资产价值全部计入当期应纳税所得额，按“待转资产价值”科目的账面余额，借记“待转资产价值”科目，贷记“应交税金——应交所得税”科目和“资本公积”，期末如果接受捐赠的非现金资产金额较大，经批准可以在规定期限内分期平均计入各年度应纳所得额，分期进行上述转账处理。这使小企业的“待转资产价值”科目核算内容更全面，核算也更趋于合理。增加了以应收债权融资或出售应收债权的会计处理。根据财政部2003年5月15日发布的关于企业与银行等金融机构之间从事应收债权融资等有关业务会计处理的暂行规定，《小企业会计准则》及时地增加了以应收债权融资或出售应收债权的会计处理，用以规范企业与银行等金融机构之间从事的融资业务的会计核算。
四、财务报告方面的不同
《小企业会计准则》只要求小企业提供资产负债表和利润表两张基本报表，而且报表的内容比较简单。如根据小企业业务比较简单，有些业务发生的可能性很少的情况，删除了若干项目。象资产负债表中资产项目中减少了预付账款、应收补贴款、递延税款借项等项目，负债中减少了预收账款、应付股利、专项应付款、递延税款贷项等项目，所有者权益中减少了已归还投资项目。利润表中减少了补贴收入项目等。
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