当收到业主预付款时,集团公司不做税务方面的账务处理,子公司账套按预收款进行销项计提,
这样应该不是不允许的(当然你没说清母子公司是不是在同一县,即使同一县,理论上也不行)。理论是母公司为第一层的纳税主体,子公司为分包商。只是如果这个业主预付款,集团公司收到的时候理论要计提销项税金,而子公司也收到预付款,如果也计提的话,那就一笔预付款,二笔销项税了。因此你们可以与当地税局沟通,由子公司计提,母公司不计提(相当于子公司的分包款是母公司扣除额)。
业主计价时,母公司账套还需要做增值税销项处理,只不过是差额征税处理;。子公司按照通常的情况进行税务处理。会计核算详见《关于印发《增值税会计处理规定》的通知》(财会[2016]22号)