一是改革财政总预算会计，提高预算信息质量。由于国库集中支付制度的实施，财政总预算会计可以较容易地获取政府部门单位以及事业单位真实的预算收支信息。因此，财政总预算会计不必再按拨款数记账，而是可以选择按实际数记账，以便提高财政总预算会计的信息质量。二是解决国库集中支付的科目名称与行政事业单位科目差异的问题，完善行政事业单位会计的监督功能。由于国库集中支付制度的实施，国库按照单位经过审批的用款计划拨付款项，单位无法随意挪用资金，资金被贪污、闲置的现象减少。三是改革与完善行政事业单位会计的会计核算范围、会计科目、会计报表，全面反映行政事业单位的财务信息。由于国库集中支付制度、部门预算等制度的实施，行政事业单位的预算外资金、制度外资金不再游离财政约束之外，而是纳入预算管理范畴。行政、事业单位的“小金库”逐渐被清理，收支活动不合法、不合理现象逐渐减少。完善行政事业单位会计的会计核算范围、会计科目可以更加全面、真实地反映行政、事业单位资金的收支活动。四是行政事业单位会计可逐步引入权责发生制，以便更好地核算与反映行政事业单位的财务状况。现金收付核算基础下行政事业单位拖欠供货商的货款未体现在行政、事业单位的账上，行政、事业单位的财务状况未得到如实反映。国库集中支付制度的实施有利于监督、反映行政事业单位一些债务，如政府采购款项。采用权责发生制有利于更好反映行政事业单位的财务状况。