（一）凡从事房地产开发的企业应办理清算土地增值税手续的房地产开发项目，包括未预征土地增值税税款的房地产开发项目，均适用土地增值税清算管理新办法。
（二）办理土地增值税清算手续的房地产开发项目以纳税人初始填报的《土地增值税项目登记表》中房地产开发项目为对象，对一个清算项目中既有普通标准住宅工程又有其他商品房工程的，应分别核算增值额。
（三）纳税人在办理土地增值税清算税款手续时应在报送有关资料的同时附送中介机构出具的《土地增值税清算鉴证报告》（以下简称《鉴证报告》，标准格式见附件1）。
（四）土地增值税清算的条件
1、凡符合下列情况之一的，纳税人应到主管地方税务机关办理土地增值税清算手续：
（1）全部竣工并销售完毕的房地产开发项目。
（2）整体转让未竣工的房地产开发项目。
（3）直接转让土地使用权的项目。
（4）纳税人申请注销税务登记的房地产开发项目。
2、符合下列情况之一的，主管地方税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：
（1） 纳税人开发的房地产开发项目已通过竣工验收，在整个预（销）售的房地产开发建筑面积达到可销售总建筑面积的比例85％（含）以上的。
（2）取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的。
（3）经主管地方税务机关进行纳税评估发现问题后，认为需要办理土地增值税清算的房地产开发项目。
（五）对于房地产开发企业建造的商品房，在未出售前先自用或出租使用年限在一年以上的，不再列入土地增值税清算的范围，应按照转让旧房及建筑物的政策规定缴纳土地增值税。
（六）凡符合办理土地增值税清算条件的纳税人，应在90日内向主管地方税务机关提出清算税款申请，并据实填写《土地增值税清算申请表》（见附件2），经主管地方税务机关核准后，即可办理竣工清算税款手续。
（七）对主管地方税务机关要求纳税人办理土地增值税清算手续的房地产开发项目，主管地方税务机关应出具《土地增值税清算通知书》（见附件3）并送达纳税人。纳税人应在接到《土地增值税清算通知书》之日起30日内，填写《土地增值税清算申请表》报送主管地方税务机关。经主管地方税务机关核准后，在90日内办理清算税款手续。
（八）纳税人在办理土地增值税清算申报手续时，应向主管税务机关提交有关清税项目资料，并填写《土地增值税清算材料清单》（见附件4）。须提交的有关资料如下：
1、项目竣工清算报表，当期财务会计报表（包括：损益表、主要开发产品（工程）销售明细表、已完工开发项目成本表）等。
2、国有土地使用权证书。
3、取得土地使用权时所支付的地价款有关证明凭证及国有土地使用权出让或转让合同。
4、清算项目的预算、概算书、项目工程合同结算单。
5、能够按清算项目支付贷款利息的有关证明及借款合同。
6、销售商品房有关证明资料，以商品房购销合同统计表并加盖公章的形式 ，内容包含：销售项目栋号、房间号、销售面积、销售收入、用途等。
7、清算项目的工程竣工验收报告。
8、清算项目的销售许可证。
9、与转让房地产有关的完税凭证，包括：已缴纳的营业税、城建税、教育费附加等。
10、《土地增值税清算鉴证报告》。
11、《土地增值税纳税申报表（一）》。
12、税务机关要求报送的其他与土地增值税清算有关的证明资料等。
（九）纳税人应准确、据实填写各类清算申报表和相关表格；纳税人委托中介机构代理进行清算鉴证的，在《鉴证报告》中应详细列举清算项目的收入、扣除项目和进行土地增值税清算的相关鉴证信息。
（十）主管地方税务机关对纳税人提交的申请材料齐全的，应向纳税人开具《土地增值税清算受理通知书》（见附件5）交纳税人转入审核程序。对纳税人提交的清税资料不完整、《鉴证报告》内容不规范、审计事项情况不清楚的，应退回纳税人重新修改《鉴证报告》或补充资料，并向纳税人开具《土地增值税清算补充材料通知书》（见附件6）交纳税人，待清算资料补充完整后，重新办理税款清算手续。
（十一）主管地方税务机关应自受理纳税人清算申请之日起90日内完成清算审核工作，不含纳税人应税务机关要求的补正资料时间。
（十二）对于清算项目销售收入的确定，是指销售商品房所取得的全部价款及有关的经济收益。
对房地产开发企业将开发的商品房用于赞助、职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等行为，发生所有权属转移时应视同销售房地产，取得其收入确定由主管地方税务机关按照当期同类区域、同类房地产的市场价格核定。
对纳税人转让房地产无法提供收入资料或提供收入资料不实造成成交价格明显偏低的，收入确定由主管地方税务机关依照上述方法的市场价格核定。
（十三）对清算项目扣除项目金额的确定，按照《中华人民共和国土地增值税暂行条例》和《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》的规定计算，发生的各项成本和费用应按实际发生额确认扣除；对纳税人无法提供合法有效凭证的，不予扣除；各项预提（或应付）费用不得包括在扣除项目金额中。
（十四）纳税人应向税务机关提供清算项目扣除项目金额的合法有效凭证，方可据实扣除项目金额的范围如下：
1、纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。
2、纳税人在房地产开发过程中实际发生的土地征用费用、耕地占用税、拆迁地上地下建筑物和附着物的拆迁费用、解决拆迁户住房和安置被拆迁者工作的安置及补偿费用等支出。
3、纳税人在销售房地产过程中缴纳的营业税、城市维护建设税和教育费附加。
（十五）对开发土地和新建房及配套设施的成本（简称开发成本）中的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用（以下简称四项费用），按实际发生额据实扣除。对纳税人进行土地增值税清算时，有下列情况之一的，税务机关应按核定办法扣除：
1、无法按清算要求提供开发成本核算资料的；
2、提供的开发成本资料不实的；
3、发现《鉴证报告》内容有问题的；
4、虚报房地产开发成本的；
5、对于四项费用每平方米建安成本扣除额，明显高于北京市地方税务局制定的《分类房产单位面积建安造价表》中公布的每平方米工程造价金额，又无正当理由的。
（十六）对于公共配套设施费的扣除范围确认，以房地产开发中必须建造、但不能有偿转让的非营利性的社会公共事业设施所发生的支出确定。非营利性的社会公共事业设施主要是指：物业办公场所、变电站、热力站、水厂、居委会、派出所、托儿所、幼儿园、学校、医院、邮电通讯、自行车棚、公共厕所等。由于各开发项目配套设施情况不同，必须先确定允许扣除的配套设施面积后再计算分摊。
对于成片开发分期清算项目的公共配套设施费用，在先期清算时应按实际发生的费用进行分摊。
对于后期清算时实际支付的公共配套设施费用分摊比例大于前期的金额时，允许在整体项目全部清算时，按照整体项目重新进行调整分摊。
（十七）对开发土地和新建房及配套设施的费用（销售费用、管理费用、财务费用）扣除的确定，凡财务费用的利息支出中能够按清算项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按取得土地使用权所支付的金额和房地产开发成本计算的金额之和的5％计算扣除。
对财务费用中的利息支出凡不能按清算项目计算分摊或提供金融机构利息证明的，利息不能单独扣除，房地产开发费用采用按率扣除的方法，以取得土地使用权所支付的金额和房地产开发成本计算的金额之和的10％进行计算扣除。
（十八） 各区县地方税务局要做好土地增值税的清算管理工作，认真查验和审核清算企业报送的《鉴证报告》内容及相关资料，在审查清算项目过程中因鉴证事项或其他问题需要纳税人进一步补充与清算项目相关的证明资料时，决定暂停清算，应向纳税人开具《土地增值税清算中止核准通知书》（见附件7），待纳税人重新补充证明资料后，再办理税款清算手续。对纳税人不能按主管税务机关规定期限提交补正材料的，应将清算项目资料移交给税务稽查部门，由稽查部门进行清算工作。
（十九）主管地方税务机关经过清算审核后，对清算项目需要进行纳税评估的，应将全部资料移交纳税评估部门进行清算评估工作，经过纳税评估后，决定对纳税人申请的清税项目不予核准，需转入检查程序进行检查的，应向纳税人开具《土地增值税清算终止核准通知书》（见附件8）送达纳税人，并将全部清税资料移交稽查部门，按照有关规定进行稽查检查工作。
（二十） 主管地方税务机关在清算项目审核中，发现有下列情况的之一的，应将全部资料移交纳税评估或稽查部门进行清算工作。
1、纳税人办理清税时，报送的《鉴证报告》内容不规范，退回重报后，《鉴证报告》仍不符合要求的；
2、纳税人办理清税时，提供《鉴证报告》需要退税的；
3、纳税人未按土地增值税政策规定预缴税款的。
（二十一）主管地方税务机关在清算审核、纳税评估、稽查检查工作中，发现纳税人有下列情况之一的，可以按确定的销售收入进行核定征收土地增值税。
1、依照法律、行政法规的规定应当设置财务帐簿未设置的；或虽设置财务帐簿，但帐目混乱，销售收入、成本材料凭证残缺不齐，难以确定销售收入或扣除项目金额的；
2、擅自销毁帐簿的或者拒不提供纳税资料的；
3、符合土地增值税清算条件，未按照规定期限办理清算手续，经税务机关责令限期改正，逾期仍不清算的；
4、纳税人未如实进行土地增值税清算申报，计税依据明显偏低，又无正当理由的。
（二十二）对清算项目通过审核后，需要进行核定征收的；或通过对房地产开发项目纳税评估或稽查检查需要进行核定征收的，应向纳税人开具《土地增值税清算终止核准通知书》和《土地增值税核定征收通知书》（见附件9）送达纳税人。
（二十三）房地产开发企业土地增值税清算专项鉴证业务，可由纳税人委托具有主管部门批准资质的中介机构进行。
（二十四）中介机构对清算项目的总体基本情况、不同用途的面积划分情况、所涉及的销售收入、成本及费用等情况进行鉴证并说明情况。中介机构应按税务机关规定的《鉴证报告》范本和内容对鉴证情况出具《鉴证报告》，供税务部门参考，并接受税务机关要求提供清算项目鉴证工作底稿的查验核实工作。
（二十五）对中介机构出具的《鉴证报告》，经税务机关审核退回后，仍未达到清算要求的，将不允许再从事土地增值税清算鉴证业务工作。
（二十六）对房地产开发企业纳税人存在未及时、如实进行土地增值税清算申报、提供虚假纳税资料、偷税等税收违法行为的，按照《中华人民共和国税收征收管理法》第六十二条、六十三条、六十四条等有关规定进行处罚。
（二十七）税务机关在土地增值税清算审核工作中，一经发现中介机构违反有关税收法律、法规出具虚假鉴证报告，造成纳税人少缴、未缴土地增值税的，除按照《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第九十八条规定进行处罚外，还应对违纪单位进行通报，凡对被通报的中介机构出具的鉴证报告，在办理土地增值税清算工作时均不予认可。
（二十八）房地产开发企业土地增值税清算管理办法自文件下发之日起开始执行。
附件：
附件一：《土地增值税清算鉴证报告》
附件二：《土地增值税清算申请表》
附件三：《土地增值税清算通知书》
附件四：《土地增值税清算材料清单》
附件五：《土地增值税清算受理通知书》
附件六：《土地增值税清算补充材料通知书》
附件七：《土地增值税清算中止核准通知书》
附件八：《土地增值税清算终止核准通知书》
附件九：《土地增值税核定征收通知书》
二、商品住宅土地增值税核定扣除项目金额标准有关问题的新规定
（一）此规定适用于对商品住宅项目清算土地增值税时扣除房地产开发成本中“前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用（以下简称四项成本）”的金额标准核定。
（二）土地增值税清算项目的四项成本应按实际发生额据实扣除，但发现有下列情况之一的，应按本通知规定的标准核定扣除：
1、无法按清算要求提供开发成本核算资料的；
2、提供的开发成本资料不实的；
3、发现《鉴证报告》内容有问题的；
4、虚报房地产开发成本的；
5、清算项目的四项成本扣除额明显高于北京市地方税务局制定的商品住宅单位面积建安造价扣除金额标准，又无正当理由的。
（三）对于高层商品住宅（7层以上）单位面积建安造价允许扣除金额标准为每平方米2263元；多层商品住宅（7层及以下）单位面积建安造价允许扣除金额标准为每平方米1560元。
（四）对于不同竣工年代的商品住宅项目，可以按照《分类房产单位面积建安造价年度修正系数表》进行相应系数修正。
（五）核定四项成本应先将清税项目的高层与多层房屋分别对照适用的核定建安造价金额，确定四项成本的扣除金额。具体计算公式为：
核定扣除的四项成本=建安造价×清算建筑面积×年度修正系数
（六）本规定中单位面积建安造价金额和年度修正系数参照北京市建设工程造价管理部门的定额标准，结合专家经验和市场状况制订，由北京市地方税务局根据情况不定期进行调整。
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