企业持有的长期股权投资，按照对被投资单位的影响程度会计准则规定分别采用成本法及权益法核算。税法对于投资资产的处理，《企业所得税法实施条例》第七十一条规定：投资资产按购买价款或者资产的公允价值加支付的相关税费确定成本。企业在转让或者处置投资资产时，投资资产的成本，准予扣除。税法对于长期股权投资没有权益法的概念。采用权益法核算，在持有过程中随着应享有被投资单位净资产份额的变化，其账面价值与计税基础产生差异，该差异主要源于以下三种情况：
一、初始投资成本的调整
取得时长期股权投资应比较其初始投资成本与按比例计算应享有被投资单位可辨认净资产公允价值的份额，在初始投资成本小于按比例计算应享有被投资单位可辨认净资产公允价值份额的情况下，调整长期股权投资的账面价值，同时确认为当期收益。税法规定并不要求对其成本进行调整，计税基础维持原取得成本不变，账面价值与计税基础产生差异。
二、投资损益的确认
持有投资期间被投资单位实现净利润或发生净损失，投资企业按持股比例计算应享有部分，调整长期股权投资的账面价值，同时确认为各期损益。但计税基础不随之发生变化。《企业所得税法》第二十六条规定：符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益免税。投资企业在未来期间从被投资单位分得股息、红利等权益性投资收益时因免税，在持续持有的情况下，该部分差额对未来期间不会产生计税影响。
例如，A公司于2018年1月2日以6000万元取得B公司30％的有表决权股份，拟长期持有并能够对B公司施加重大影响，该项长期股权投资采用权益法核算。投资时B公司可辨认净资产公允价值总额为18 000万元（假定取得投资时B公司各项可辨认资产、负债的公允价值与账面价值相同）。B公司2016年实现净利润2 300万元，未发生影响权益变动的其他交易或事项。A公司及B公司均为居民企业，适用的所得税税率均为25%，双方采用的会计政策及会计期间相同。
2018年1月2日，A公司会计处理：
借：长期股权投资 60 000 000
贷：银行存款 60 000 000
该项长期股权投资的初始投资成本大于按照持股比例计算应享有B公司可辨认净资产公允价值的份额5 400万元（18 000×30%），其初始投资成本无须调整，但确认投资损益。其会计处理：
借：长期股权投资——损益调整 6 900 000
贷：投资收益 6 900 000（＝23 000 000×30%）
应享有被投资单位的净损益不影响长期股权投资的计税基础，2016年12月31日的计税基础仍为6 000万元。该项长期股权投资账面价值6 690万元，与计税基础差异690万元，该差异对未来期间不会产生计税影响。
三、享有被投资单位其他权益的变化
除确认应享有被投资单位的净损益外，对于应享有被投资单位的其他权益变化，应调整长期股权投资的账面价值，但其计税基础不会发生变化。例如，A企业原持有B企业40%的股权，2018年6月20日，A企业决定出售其持有的B企业股权的1/4，出售时A企业账面上对B企业长期股权投资的账面价值构成为：投资成本12 00万元，损益调整320万元，其他权益变动200万元，出售取得价款470万元。
A企业应确认的处置损益为：
借：银行存款 4 700 000
贷：长期股权投资 4 300 000[＝（12 000 000＋3 200 000＋2000 000）×1/4]
投资收益 400 000
同时，还应将原计入资本公积的部分按比例转入当期损益：
借：资本公积——其他资本公积 500 000（＝2 000 000×1/4）
贷：投资收益 500 000
税务处理：处置收入470万元，计税基础按历史成本计算为300万元（＝1200×1/4）。
此外，特别关注企业合并取得的资产。《企业会计准则第20号——企业合并》规定：同一控制下的企业合并，合并中取得的有关资产基本上维持其原账面价值不变，合并中不产生新的资产；非同一控制下的企业合并，合并中取得的有关资产应按其在购买日的公允价值计量，企业合并成本大于合并中取得可辨认净资产公允价值的份额部分确认为商誉，企业合并成本小于合并中取得可辨认净资产公允价值的份额部分计入合并当期损益。
《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）、《财政部、国家税务总局关于促进企业重组有关企业所得税处理问题的通知》（财税〔2014〕109号）、《国家税务总局关于非居民企业股权转让适用特殊性税务处理有关问题的公告》（2013年第72号）规定：被合并企业应视为按公允价值转让、处置全部资产，计算资产的转让所得，依法缴纳所得税。当符合特殊性税务处理时，合并企业接受被合并企业资产的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定。
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