一、所用会计科目不同
在处理同一业务时，事业和企业单位所做的会计分录形式相同，借贷方向相同，但因不同制度所规定的会计科目名称不同而将有关内容分别记入不同的账户。如借款的核算，在借入时，企业按期限长短分别记入“短期借款”或“长期借款”科目，而事业单位则不分长期或短期借款，一概记入“借入款项”科目。
二、因单位性质账务处理方法不同
1、因是否从事产品生产而导致的差异。这类差异应分两种情况，一是要区别从事产品生产的事业单位和不从事产品生产的事业单位在账务处理上存在差别，要区别对待。二是同样从事产品生产，事业单位与企业单位在账务处理上仍有差异。以材料采购业务为例。企业的做法分一般纳税人和小规模纳税人两种，前者在购入时采用不含税进价，以区分进项税额；后者则采用含税进价。
