1、事业单位会计科目设置有许多基金科目，如固定基金、事业基金、专用基金、周转金等，而企业会计制度没有。
2、事业单位会计分类与企业不同，事业单位支出类分为事业支出、经营支出、对所属单位补助支出、上缴上级支出和其他支出；成本类分为科研成本、技术成本、其他业务成本、生产经营成本；收入也是财政补助收入、上级补助收入、事业收入、经营收入、附属单位上缴收入、其他收入等；而企业单位总称主营业务收入、其他业务收入，成本总称为主营业务成本和其他业务成本，以及制造费用、生产成本等，没有事业单位那么复杂。
3、事业单位有些会计核算与企业不同，如，专项拨款，都在该项目下进行收入与支出的核算，只有等项目完成后才上交或结转权益类账户；而企业完全是成本核算方法，收支两条线界定清晰。
4、事业单位与企业虽同是借贷记账法，但记账方法有所不同，有些项目需要同时记录基金增加，如固定资产购买分录：
借：科研成本
贷：银行存款
同时，借：固定资产
贷：固定基金
5、事业单位与企业会计思路的区别，如，所有者权益，事业单位称为净资产，主要有固定资产基金、周转金、事业基金（一般基金和投资基金）、专用基金；企业权益类是实收资本、资本公积、盈余公积、未分配利润等。
目前我国事业单位仍执行《事业单位会计制度》（97版），但许多事业单位，尤其是经营型事业单位在上报事业单位会计报表的同时，也上报企业
