一、这两种系统的会计前提一样，主要表现在：会计主体、持续经营活动、分段和会计货币。会计原则，这两个都有真实性、完整性、及时性原则、相关性原则、可比性原则、重要性原则。会计要素虽然有差异，但其内容和方法大致一致的。
二、不同主要体现在：
1、会计核算基础不同。企业单位会计实行的是权责发生制， 行政事业单位会计大多实行的是收付实现制。政府会计由预算会计和财务会计构成。预算会计实行收付实现制，国务院另有规定的，依照其规定。财务会计实行权责发生制。
2、会计要素不同。事业单位会计要素分为五大类：即资产、负债、净资产、收入和支出。企业会计要素分为六大类；即资产、负债、所有者权益、收入、费用和利润。
3、会计等式不同。事业单位的会计等式是“资产%2B支出=负债%2B净资产%2B收入”，此等式为动态等式，反映单位在业务营运过程中收支结余情况及净资产的增值情况。
因为事业单位的资金来源主要是通过上级拨款取得的，所以要严格监督各项支出的耗费，因此要采用动态等式，资产负债表也是以此等式为依据的。
企业的会计等式为“资产=负债%2B所有者权益”，此等式为净态等式，反映了会计要素之间的数量关系，反映了企业资产的归属关系，表明了企业和所有者是各自独立存在的。同时，也是编制资产负债表的理论依据。
4、企业会计有涉税内容，一般的行政事业单位因为没有经营业务，所以不涉及税务，最多代收代缴一下个人所得税。
