个体工商户经营所得A表申报，收入和成本系统自动生成，我随便修改了成本，系统提示手动输入金额与系统自动生成的金额差距大，（这是系统里没有收到成本发票的原因吗？）怎么处理呢

是的，系统之所以提醒“手动输入金额与自动生成金额差距大”，大概率是因为你在“查账征收”模式下，系统没有收到或未采集到对应的成本发票数据，导致它按“零成本”或“低匹配”自动生成成本，而你手动填了一个远高于系统数据的数，触发了风控校验逻辑

登录 自然人电子税务局（WEB端） →【发票管理】→【进项票采集】或【发票查验】，确认是否有对应成本发票被系统识别。

那怎么办呢，系统里确实没有收到成本发票数据，按系统自动生成的数据来，那就要缴纳很多的税款，

电子税务局里查询的，确实没有取得成本发票

那你手动填报的数据是否真实发生的数据。有没有相应的增值税发票

没有增值税发票啊，有的话，系统里就会查得到啊，

实际成本费用发生没有，之后能不能取得发票了

肯定是有的，就是没有开发票，现在是预缴，我到第四季度申报时取得部分发票，其他的收据代替，行吗？个体工商户没有那么多正规发票

你可以先按实际发生的成本费用金额填报，但现在填报的金额要在后期取得相应的发票，在当年取得。最好不要跨年。