请问总公司在福建分公司在杭州，分公司可以在当地领票并开票吗？

请问在当地缴纳流转税是怎么缴纳的

总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。

那请问增值税申报是否能进项抵扣

只要是一般纳税人就可以抵扣进项税额。

意思是分公司如果是一般纳税人单独缴纳增值税也是销项税额-进项税额对吗

对，一般纳税人的增值税就是这么算的。

好的，谢谢