怎么体现公司与股东财产独立，没有混同？做审计？

你好，我想请教一下，就是我们公司有遇到一个问题。他们股东呢，对于他们那个，因为分红。有的股东多，有的股东少拿了，然后我们就聘请了外面的那个会计所的来进来审计。那我们审计出来，因为公司吗？走账会比较混乱。它有一些都是从那个大股东的账户上分红啊，或者说工程款，这些都是从大股东的账户上走出去。走出去，到其他股东，或者说其他公司的。那项审计这一块呢，就认为说。他们一直说强调审计的什么主体原则，独立性原则。就没有把我们这一块儿审计进去，他认为说这一块的费用，不应该记录到公司的账目中。然后他实际出来，就导致说我们利润很高，那像这种是怎么样的呢？

我们公司是民营企业，一共有三个股东，走账比较混乱，存在公私账户混用的情况，特别是大股东经常用他的账户转款给公司用和把公司的利润通过他账户转到其他股东账户里面，现在因为股东对公司经营的利润和分红情况有争议，聘请了外部的会计所进行审计，说明了这个是咨询业务不出具正式审计报告，主要是为了股东了解公司经营状况，审计结果出来后发现利润跟实际利润相差五倍多，审计单位说是坚持审计独立性和主体原则，大股东的走账都不应该纳入审计的范围，但是我们大股东走账的流水、说明单都是附在财务资料里的，我们跟审计单位沟通，审计一直说独立性和公司主体，不能改，这样是对的吗？审计利润跟我们实际情况根本不相符合

请问老师，现在我们公司简称A公司，A公司是B和C公司股东，A公司有投资B和C公司，A、B、C公司在三个不同的省份分别经营，都是独立核算，独立做账，现在老板想给三家公司财报合并报表，请问这种合并要怎么处理呢？

有一个难题：老板有几个利润中心，需要独立建账，一家独资，一家与人合作，与人合作的这家公司又投资了另外一家公司，但是前期的钱都是混在一起没有划分开来，另外两家公司的股东有分红股，那目前财务的工作重点是啥？前期要算投资了多少钱在与人合作的这家公司，后期要慢慢收回，那么财务要怎么做

怎么体现公司与股东财产独立，没有混同？做审计？