分公司用总公司名义接了一个消防工程项目，1000万，施工合同甲方和总公司签的，期间一直是总公司给甲方开票及收款，今天和甲方对账发现，分公司在施工期间曾经也给甲方也开了票，约100万，甲方在账里面是算进去了的，这部分怎么处理？可能算总公司把其中一部分工程给分公司做了，由分公司自己开票给甲方？

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