老师，公司租赁了个人的商用住房，由公司代扣代缴的税费，这部分税费约定公司承担，如何作账

老师对于这部分是不是就不计入应交税费？

如果你选择这样做，就不计入应交税费了。但是我建议你们考虑税务风险 合同约定租金XXX元，税金由承租方承担，那就说明合同是不含税价格，我们是否应该换算成含税价格，然后把应支付的税金包含在发票里？根据双方达成租房协议的意愿来讲，应该是：出租方开具发票后，缴纳完所有的税金后净得XXX元，而不是到税务局代开的就是XXX元的发票。企业应该计算出合适的发票金额，重新修正合同，代开发票，避开涉税风险。 企业虽然多缴纳了税金，可是取得了合规的发票，能合法的入账，避开涉税风险。 以上这个问题核心是：企业没有理由承担与自己无关的费用，承担了，就存在企业所得税税前扣除问题以及个人所得税代扣代缴问题。非要这么做，就要付出额外代价，或者承担税收风险，或者提高支付价格。

如果这部分税到时候和房东收回来了，那这个账务如何处理？

负数冲当初记账科目管理费用-租赁费