公司代扣代缴个税，1月份申报个税缴纳金额1743元，已经缴纳了税费，但是1月份又更新了申报，填了专项附加3000，更新后缴纳税费1653，是不是多交了90，但是这笔钱已经从员工工资里扣了90，2月份申报的时候，没有填专项附加扣除，且该员工后续都没有这3000的专项附加了，该员工2月实际工资18750，社保694.85，算税应该是((18750-684.85)-5000)x0.03=391.96，实际公司代扣代缴时缴纳481.96，但是该员工的工资还是按照391.96扣除后支付的，现在是公司的钱多付了90吗，应该怎么做，是从员工工资里在扣90，还是需要去税务局办理退税，还是可以用来抵扣3月份的个税，能分析一下吗

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