请问劳务派遣差额扣除方法中扣除的是劳务派遣公司代用工单位支付的工资，福利和社保，但是劳务派遣公司和劳动者是签劳动合同，应该给劳动者支付工资和社保，为什么是用工单位发放给被派遣员工呢？

用人单位是劳务派遣公司，用工单位是被派遣员工工作的公司

劳动者是与劳务派遣签合同，劳务派遣公司与用工单位签合同。三方关系。签劳动合同的公司才发工资社保，用工单位还要发一份工资社保吗？

道理是相同的，只要劳动者在哪个单位实际上班工作，哪个单位就应该承担工资和社保，视同本单位职工处理。

是三方关系，用工单位承担费用，转给劳务公司，劳务公司代发。

用人单位发工资，用工单位没有直接发给员工，不能视同自己的员工，不适用于实质重于形式，汇算清缴也不能纳入员工总数

劳务公司按照代发的工资，社保和服务费全额给用工单位开票，用工单位付钱，劳务公司给劳动者缴纳社保和发放工资，只是差额征税而已。

汇算清缴肯定不能纳税，你考虑的没错，因为劳动者和用工单位没有直接的关系，只是过来干活。