国有企业母公司向子公司借款，子公司向母公司收取资金占用费，子公司开具的增值税发票为免税发票是否合理？理由及相关法规能否告知一下？

请问老师：子公司为房地产公司有开发资质，建设开发一楼盘，子公司99%、母公司1%出资以子公司名义竞拍土地并已交土地款，母公司负责建设支付工程款给施工方，施工发票开给了母公司，子公司房地产公司负责销售，请问子公司如何确认收入，母公司支付工程款是其他应收账款—子公司吗？子公司将销售款确认收入，成本按母公司支付的工程款作为成本，可行吗？需要如何完善手续。母公司支付工程款应交税费都挂其他应收款，还是挂应交税金-增值税，待后作退税处理吗？

国际货物运输行业（货代公司），有很多子公司，如母公司的客户在子公司的口岸出口的货物，也是子公司提供的服务（增值税免税），由于此客户在各口岸子公司都有订舱，但他统一把款支付到母公司，合同也是签订的集团版的，那是否他在子公司订舱的这部分，子公司开票给母公司确认收入，因为他把款支付到母公司，确实是子公司提供的服务。

想问一下 老师下文是哪个政策中提到的，“根据中国税法规定，子公司给母公司做研发服务，属于关联交易，需要按照公允价值进行交易并缴纳税款。如果子公司已经向科技局备案，可以享受研发服务相关的税收优惠政策，但并不一定能够开免税发票。”

母公司委托独立核算子公司业务，因客户原因发票是母公司开的，子公司承担费用并取得合理发票。请教是否必须将所收取部分由子公司再开票给母公司，变成子公司的收入。还是说，不公司做收入，而子公司只计入成本核算呢？都是小规模，母公司开票计算增值税，子公司开票再次计算增值税，感觉重复计税了。

问题一、单一子公司非同控非全资合并1、软件行业母公司（一般纳税人，占股60%）向子公司（小规模）销售技术服务母公司单体报表：借：应收账款-子200贷：主营业务收入188.68应交税费-应交增值税（销项税额）11.32借：管理费用-研发费用150贷：研发支出-费用化支出-工资100-直接材料50子公司单体报表：借：主营业务成本200贷：应付账款-母200问题：合并报表抵消分录：？？？问题二：单一子公司非同控非全资合并1、母公司长期股权投资（占股60%即300万）未实缴到位，子公司发生了亏损100万，按比例承担亏损，合并报表如何处理？