老师，总公司与分公司不在同一个城市，如果如果员工与分公司签劳动合同，分公司虽然选了独立核算，但平时业务都是总公司对外签合同，员工出差交通也都是为了总公司业务，分公司不做实际业务，因此差旅报销开的也是总公司抬头。在哪个公司支付分公司员工的费用报销更好，还是都可以？（1）如果在总公司支付分公司员工的费用报销，与分公司劳动合同不一致（2）如果在分公司支付分公司员工的费用报销，与工资社保支付使用同一个银行账户，在分公司记账，但发票是总公司抬头，是否可以？

那就是说，分公司员工开了总公司抬头的发票，就在总公司走费用报销。不用考虑独立核算，也不用考虑与劳动合同是否一致，与工资个税等支付是否是同一个银行账户的问题么？如果之前已经通过分公司账户支付了员工的费用报销，这些总公司抬头的发票也得在分公司记账。申报增值税时，仍归到总公司申报增值税吧、分公司申报增值税时，把这部分总公司抬头的发票金额剔除掉？

你好如果之前通过分公司账户支付了报销，但是报销抬头写的是总公司。那这些发票就不能用，需要另外开户分公司的发票，如果无法重新开具。那只能挂起他应收款，让总公司把钱打回给分公司，分公司不走费用科目，总公司走费用科目，如管理费用，贷，其他应付款，。支付给分公司报销款时，借 其他应付款 ，贷方，银行存款。

明白，为了申报增值税及进项税抵扣，费用报销还是最好从总公司直接支付，另外已经记入分公司的这部分，总分公司长期挂往来账清不掉没关系吧？

是的 最好直接从总公司支付，不要那个往来款会越来越大，。清不掉没有关系

长期清不掉只要能解释清楚是什么原因、什么业务就可以吧？